1. structurele schade en toxische effecten
2. hormonale effecten
3. abnormale cerebrale lateralizatie
4. maturational lag
5. omgevingsdeprivatie (verjaardagseffect)
6. genetische invloeden

Als een kindertijd leerstoornis op een symptoom lijkt van volwassenen met hersenschade is het waarschijnlijk dat er een structurele schade aan het brein is. Dit komt echter maar bij een kleine groep voor. Andere oorzaken kunnen slechte voeding, drugsgebruik en blootstelling aan omgevingsfactoren. Bijvoorbeeld blootstelling aan kwik of andere metalen kan een veroorzaker van leerstoornissen zijn. Het is echter lastig om een een-op-een relatie tussen leerstoornissen en omgevingsgiffen te vinden.

Deze hypothese stelt de cognitieve functies die taal, lezen en andere complexe gedragingen produceren hiërarchisch georganiseerd zijn. Als een level van de hierarchie langzaam ontwikkeld, zal de ontwikkeling van de andere niveaus worden vertraagd. De oorzaken van de vertraging kunnen vertraagde myelinastie van een specifiek gebied of de langzame ontwikkeling van corticale connnecties zijn.
Er blijkt wel uit onderzoeken dat verschillende functies in kinderen met een leerstoornis langzaam rijpen, maar het onderzoek om deze hypothese daadwerkelijk te testen is erg lastig. Maar er zijn wel veranderingen die deze theorie ondersteunen.