In de Republiek bestond consensus over het belang van de gewetensvrijheid als kern van de persoonlijke vrijheid. De betekenis en reikwijdte van de gewetensvrijheid waren omstreden.
Arminianen: de mens had nog een zekere mate van vrije wil (remonstranten)
Gomaristen: alles is de wil van God (contraremonstranten)

Hij was van mening dat alleen tolerantie dit conflict kon oplossen.
De Nederlandse kerk was in zijn ogen niet lutheraans of calvinistisch maar vooral erasmiaans en kenmerkt zich door eendracht, vrede en eenheid, hetgeen vereist dat iedere partij zich enigszins aanpast aan de ander

Maurits van Nassau sloot zich aan bij de Gomaristen en dit betekende het politieke einde van Grotius en van Oldenbarnevelt.
Grotius werd verbannen naar Loevenstein en werd Hollands beroemdste politieke banneling