Startpagina / Samenvattingen / Human monogenetic diseases / biologisch-assays-organisme

Model systemen

Q: Wat zijn de voor- en nadelen van in vitro modellen? En voor welke assays is het goed te gebruiken?

In vitro = 'in glas' - Voordelen -> Volledig gecontroleerde omgeving -> Geïsoleerde test -> Goedkoop (in de meeste gevallen) - Nadelen -> Geen biologische context -> Ontbrekende co-regulatie - Geschikte optie voor biochemische assays -> Enzym activiteit (met verwijderen fosfatase altijd actief) -> Binding assays/affiniteit (mutant en wildtype) -> Eiwitstructuur/stabiliteit

6 belangrijke vragen over Model systemen

Wat zijn de voor- en nadelen van in vitro modellen? En voor welke assays is het goed te gebruiken?

In vitro = "in glas'
- Voordelen
   -> Volledig gecontroleerde omgeving
   -> Geïsoleerde test
   -> Goedkoop (in de meeste gevallen)
- Nadelen
   -> Geen biologische context
   -> Ontbrekende co-regulatie

- Geschikte optie voor biochemische assays
   -> Enzym activiteit (met verwijderen fosfatase altijd actief)
   -> Binding assays/affiniteit (mutant en wildtype)
   -> Eiwitstructuur/stabiliteit

Wat zijn de voor- en nadelen van een in vivo systeem? En waar gebruik je deze modellen vooral voor?

In vivo = in een levend systeem
- Voordelen
   -> Evaluatie in biologische context
   -> Dichter bij de realiteit
   -> Inclusief de complexiteit van het systeem
- Nadelen
   -> Technisch uitdagend
   -> duur

- Veel verschillende opties
   -> Celcultuur
   -> Geavanceerde kweeksystemen
   -> Organismen
   -> Vooral voor de etiologie

Wat kan je met organismen als modelsysteem?

Volledige biologische context
   -> Ontwikkeling
   -> Organen
Welk model te kiezen?
   -> Behoud van genen (orthologs)
   -> Biologisch relevant
   -> Tijd/geld
        - Generatietijd
        - Genetische manipulatie
Ethische overwegingen

Waarom zou je kiezen voor een organisme i.p.v. Een cel?

Cellen hebben geen leer bijvoorbeeld, daarom zou je kunnen kiezen voor een organisme. Een gistcel is ook een volledige organisme, maar is natuurlijk wel minder representatief.

Er worden ook studies gedaan in patiënten materiaal. Wat zijn daar voor- en nadelen van?

Volledige relevante context
    -> Milieu
    -> Genetische context
Geen mogelijkheden voor genetische manipulatie
Invasiviteit/beschikbaarheid
Over het algemeen bruikbaar voor validatie, niet ontdekking
   -> Er is geen controle in de omgeving. Daarom moet je ook van gezonde controles weefsel halen om te kunnen vergelijken. En omdat er geen controls zijn, is de discovery (ontdekking) laag.

Wat is epigenetica? Wat kan je hiermee (tussen patiënt en controle)?

Epigenetica is modificaties na replicatie, zoals histon modificatie en DNA methylatie. Deze kunnen ook bijdragen aan ziektes. In de heatmap zie je de patiënten en de controles clusteren en dit is op basis van methylatie.