Lees hier de samenvatting en de meest belangrijke oefenvragen van introduction to bioinformatics

• 1 Week 1 Lecture 1. Introduction + Homology searching

• 1.1 Introduction to bioinformatics

  Dit is een preview. Er zijn 2 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.1
  Laat hier meer flashcards zien

• Hoe gaat de data analyse flow in z'n werking bij DNA sequencing

  Je begint met kleine images van de DNA sequence ( elke dot is een einde van DNA en elke kleur representeert een nucleotiden).
  
  Hierna wordt het gelezen. Vervolgens worden ze gealigned en gemapt. Hierbij kan gekeken worden of er verschillen zijn tussen de reference dna en de gemeten dna 
  
  De data wordt altijd gekenmerkt in input en output. 

• Wat wordt er precies gemeten bij bioinformatica? Geef hierbij de verschillende soorten 'omics"

  Het verschil in molecuul variatie in cellen wordt gemeten aan de hand van 'omics' data. 
  
  
  1. Genomics 
  Puntmutaties 
  2. RNA transcirptomics 
  3. Porteonics 
  - Immunohistochemistry 
  - Mass spectrometry 
  4. Metabolites 
  5. Microbes ( Bacterien, virussen en parasiten) 

• 1.2 Overview what is possible with currently available bioinformatics

  Dit is een preview. Er zijn 1 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.2
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat is het hoofd principe van waarom een omics wordt uitgevoerd?

  Personaliseren van behandeling voor een patient gebaseerd op hun eigen molecular profiling/

• Hoeveel paar chromosomen heeft een mens? Hoeveel DNA basis paren? Hoeveel genen?

  Chromosomen 23 paar 
  Genen: 20.000 
  Genen paren: 3 billion. ( sequencing) 
  
  Cellen: 37 billion. 

• Als je een biomarker wilt produceren voor alzheimer welk van de vier eiwitten kan gebruikt worden voor deze analyse?

  C protein 2 en 4 wants wilt verschil in expressie kunnen meten tussen ziek en net ziek. Dit zijn de enige twee die differentiëren.

• Welke groepen kan gebaseerd op deze informatie van elkaar gescheiden worden en onderzoek naar gedaan worden?

  B. Als je kijkt is oranje echt te vergelijken met de controle ( oranje en geel). Aan de bovenkant bij een cluster heb je dezelfde expression.

• Welk set eiwitten is te differnetien van tau en de control groep ?

  De eerste paar bovenste. Ala het blauw is inplaats van grijs dan is het heel duidelijk te vergelijken.

• 1.3 Homology searchers: BLAST and PSI-BLAST

  Dit is een preview. Er zijn 9 andere flashcards beschikbaar voor hoofdstuk 1.3
  Laat hier meer flashcards zien

• Wat zijn homology searches?

  Dit zijn onderzoeken waarbij wordt gekeken of er vergelijkbare eiwitten beschikbaar zijn die evolutionair related zijn. Als er niet veel bekend is over een eiwit kan dit ook gebruikt worden omdat het meestal dezelfde structuur heeft en dezelfde functie. Dit kan een goed idee geven over wat het eiwit doet.

• Wat wordt algemeen bedoeld met homology

  Sharing a common ancestor. Dit betekend eigenlijk dat er een eiwit was die de ancester was van beide eiwitten. Je kan op deze manier kennis over de minder bekende geven.

• Welke nucleotiden responden. En wat betekend de -?

  TC en G. - (dash) betokened dat er geen corresponding nucleotiden is, er is namelijk een deletion geweest op dat stukje. Dus antwoord A