De oorzaak van de ziekte van Crohn is nog niet geheel bekend. Verschillende factoren spelen  een rol  in het ontstaan van de ziekte. In elk geval is er sprake van een sterke reactie van het afweersysteem. Daarom wordt de ziekte van Crohn ook wel een auto-immuunziekte genoemd.

Het klachtenverloop van de ziekte van Crohn verschilt per patiënt. Buikpijn, diarree en moeheid zijn de meest voorkomende klachten. Vaak houdt de ziekte van Crohn zich redelijk rustig (in remissie), maar de klachten kunnen ook ineens opspelen. Dit noemt men een opvlamming van de ziekte. Tijdens een opvlamming ontstaan soms ook complicaties.

De ziekte van Crohn is niet te genezen, maar wel te behandelen. De behandeling bestaat uit medicatie en soms een operatie. Een behandeling met medicijnen is vaak levenslang nodig en gericht op het verkrijgen van remissie (een rustige fase zonder ontstekingen).