Dit zijn flashcards en notities die gemaakt zijn door studenten over onderwerpen als 'eiwitten', 'membraan' en 'structuur', komende uit:

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding
Vak
- Membraan & Membraaneiwitten
- Killian
- 2021 - 2022
- Universiteit Utrecht
- Molecular and Cellular Life Sciences
143 Flashcards en notities
  • Deze + 400k samenvattingen, ook in PDF!
  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers die je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo

Flashcards over eiwitten, membraan, structuur

Wat voor secundaire structuur bevatten membraaneiwitten voornamelijk? En wanner komt de ander voor?
De meeste membraaneiwitten bestaan uit alfa-helices en beta barrels komen voornamelijk voor in buitenmembraan van bacteriën en mitochondriën (endosymbiose theorie)
  • bepalend welke eiwit in het binnen of buiten membraan komt is afhankelijk van bepaalde eigenschappen van het eiwit
Rapporteer
Wat is de algemene vereiste voor transmembraan eiwitten en hoe kan je dit testen met de hydrofobiciteit schaal?
Een hydrofobe stretch van aminozuren moet voldoen aan een voldoende lengte en voldoende hydrofobiciteit. Dit testen door:  alle aminozuren oplossen in mengsel van organische vloeistof en waterige vloeistof en dan kijken naar de verdeling hierin. dG waarde achterhalen en geeft aan hoe snel iets naar de andere vloeistoffase zou gaan → hydropathy plot. Sequentie bekijken dan dG waarden bij elkaar optellen, geeft een hydropathy index → hele eiwit zo door om te kijken welke sequentie het membraan kan overspannen. 20 kcal/mol duidt op een transmembraanhelix.
Rapporteer
Wat voor experiment doe je als je glycosylatie als tool gebruikt voor de analyse van membraaneiwit insertie?

1. Prepare DNA construct van een transmembraaneiwit en include een hydrofobe segment (H)
2. Incorporate glycosylatie sites (G1 en G2) naast de hydrofobe segment
3. Express in aanwezigheid van microsomen
4. Test membraan incorporatie voor glycosylatie te analyseren
→ glycosylatie gebeurd alleen in ER → dus 1 (transmembraan) of 2 keer (geen transmembraan)
→ Met SDS analyseren op aanwezigheid hiervan
Rapporteer
Wat is de positive inside rule en wat zijn de mogelijke verklaringen hiervoor?
Positieve lading aan de kant van het cytosol en negatief aan ER: lokalisatie van positieve ladingen is belangrijk voor final orientation
  1. Fosfolipiden hebben een negatieve lading (anionic lipids) en promoten binding van positieve geladen residuen aan de cytoplasmatische face van het membraan
  2. Een transmembraan potentiaal bestaat across sommige membranen: ion en pH gradiënt en beide zorgen voor een negatieve lading aan de cytoplasmatische kant en dus hier ook de positieve charged residues
  3. Dipole effecten in membranen: positieve potentiale inside de hydrofobe deel van het membraan
Rapporteer
Welke drie technieken worden het meest gebruikt voor het bestuderen van membraaneiwitten en in welk model systeem is dit het meest gunstig?
1. Kristallografie: in micellen is het moeilijk om goede samples te verkrijgen, want ze ontvouwen vaak etc. → monoolein kan kubische fases vormen (LCP) en dan mengen met eiwitten in detergent → eiwit in deze fase naar lamellare fase en kan dan kristallen vormen, maar bij SMA hoeft er geen detergent worden toegevoegd --> gunstiger
2. Cryo-EM: enkele deeltjes bekijken en welke overeenkomen kun je bij elkaar doen → 3D structuren --> in SMA
3. High resolution NMR: nanodiscs kunnen als ze groot genoeg zijn zelf spontaan oriënteren in een magneetveld, waardoor je goede resolved pieken voor enclosed eiwitten kunt verkrijgen
Rapporteer
Wat voor experiment kan je uitvoeren mbv SMA voor de extractie van het kalium kanaal KscA?

1. E.coli cellen met overexpressed eiwit (met tag voor zuivering)
2. Additie van lysozyme en SMA
3. Disruptor (voor opbreken)
4. Ultracentrifugatie (nanodiscs met eiwitten in supernatant)
5. Purificatie door affiniteitschromatografie
IR en circular dichroism worden gebruikt als tool om secundaire structuur van eiwitten te analyseren
Rapporteer
Hoe werkt circular dichroism en hoe kan het worden toegepast?
UV spectrum opnemen, peptide bindingen zijn optisch actief en is afhankelijk van de secundaire structuur met circulair gepolariseerd licht → links- en rechtsom absorptie verschillend
  • Nanodiscs zijn geschikt voor spectroscopische studies zoals CD, KcsA geeft een alfa helix secundaire structuur in nanodiscs
  • Stabiliteit testen door de temperatuur te veranderen en een nieuwe CD spectrum opnemen → erg stabiel → nanodiscs beschermen goed tegen destabillisatie tov detergent micellen
Rapporteer
Wat kun je onderzoeken met fluorescentie microscopie betreft de structuur van membraaneiwitten?
Tryptofaan voor fluorescentie microscopie om de lokale omgeving hiervan te onderzoeken → omgeving bepalend voor de structuur (in peptide lagere intensiteit dan in lipide vesicle)
  • Ook hiervan stabiliteit testen door temperatuur-afhankelijke metingen
Rapporteer
Er bestaan eiwitten die uit zichzelf op twee manieren kunnen inserteren in een membraan, de zg. dual topology eiwitten. Wat zou een belangrijk kenmerk van dergelijke eiwitten zijn?
Deze eiwitten zullen weinig positieve ladingen hebben en de positieve ladingen die ze hebben zullen ongeveer gelijk verdeeld zijn aan beide kanten van de membraan.
Rapporteer
Wat gebeurt er met transmembraaneiwitten als je de dikte van de bilaag kleiner maakt? Waarom zijn de gevolgen van tilt vaak anders voor een a-helix bundel dan voor een -barrel?
Deze situatie is energetisch ongunstig en een gevolg kan zijn dat de eiwitten gaan aggregeren. Een andere mogelijkheid is tilt: scheef gaan liggen in de membraan. Bij helix-bundel eiwitten kunnen de individuele helices bewegen tov elkaar, en kan er dus reorientatie plaats vinden, waardoor de structuur (en functie) van het eiwit verandert. Bij beta barrel eiwitten is dit anders, omdat de transmembraan-segmenten met elkaar zijn verbonden door H-bruggen, en ze zich dus niet individueel kunnen aanpassen.
Rapporteer
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart