Dit zijn flashcards en notities die gemaakt zijn door studenten over onderwerpen als 'eiwitten', 'membraan' en 'transmembraan', komende uit:

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding
Vak
- Membraan & Membraaneiwitten
- Killian
- 2021 - 2022
- Universiteit Utrecht
- Molecular and Cellular Life Sciences
143 Flashcards en notities
  • Deze + 400k samenvattingen, ook in PDF!
  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers die je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo

Flashcards over eiwitten, membraan, transmembraan

Welke eigenschappen van de lipide omgeving zijn belangrijk voor structuur en dynamiek van eiwitten die dit kunnen beïnvloeden?
1. Dikte
2. Vloeibaarheid
3. Laterale druk profiel
4. Hoofdgroep lading
Rapporteer
Waarom is de dikte biologisch relevant voor de structuur en dynamiek van lipiden en hoe test je deze relevantie voor eiwitactiviteit?
Het is relevant voor de sortering van soorten lipiden voor verschillende membranen en het vormen van rafts.


De relevantie test je met reconstitueren van membraaneiwitten in lipide bilagen met variërende diktes → hieruit komt ook een optimum → er zijn alleen vele manieren om op te reageren, voor enkele helixen zijn er verschillende manieren om te reageren op een mismatch:
  • self-associatie
  • backbone adaptation
  • helix tilt
  • acyl chain stretch

Rapporteer
Hoe voer je een systematische studie uit over mismatches?
1. Designen en synthetiseren van geschikt model transmembraan peptiden
2. Incorporeren in synthetische lipide bilagen
3. Systematisch variëren in peptide lengte en lipide keten lengte
4. Analyseren van effecten op peptiden en lipiden met biofysische technieken
Rapporteer
Wat is een geschikt model peptide en hoe design je een transmembraan peptide dat systematische studies van mismatchen effect toestaat?
Model peptide:
  • Mimics transmembraan segment van een echt membraaneiwit
  • Incorporate als transmembraan helix
  • Composities kunnen systematische worden gevarieerd

Mismatches:
  • voldoende hydrofobiciteit (ala, leu)
  • hoge alfa-helix vormende neiging (ala ,glu, leucine)
  • systematische variatie van lengte
  • → tryptofaan aan uiteinde, want zijn ankering residuen zijn → WALP peptiden als mimieken, simpel en omgevallen en laat de variatie toe
Rapporteer
Hoe kan je verschillende vormen van mismatches analyseren?
  • Self-association: met FRET meten of er aggregatie van de alfa-felixen ontstaat met de tryptofaan --> mismatch promoot helix-helix interacties
  • Backbone adaptation: monitoren van de secundaire structuur kan ook met infrarood → FTIR: gevoelig voor backbone van peptiden, en secundaire structuur (verschillende stretches bij alfa-helix en beta-sheet) --> backbone conformatie is onafhankelijk van de mismatch
  • Helix tilt en acyl chain: kan met NMR of MD simulaties in kwalitatieve agreement met experimentele data
Rapporteer
Wat is de biologische relevantie van de vloeibaarheid?
1. Met de vloeibaarheid verander je ook de dikte
2.
de vloeibaarheid is belangrijk voor de laterale diffusie en dus ook signalering met oa dimerisatie
Regulatie van de vloibaarhei in bacteriën wordt gedaan met een thermosensor --> lagere temperatuur zorgt voor een geordendere en dikkere bilaag.
Rapporteer
Wat kan je met een helical wheel model en eisenberg plot, hoe doe je dat en waarin kan je e?

De amfipaticiteit van een helix te voorspellen met een helical wheel→ alle aminozuren hebben een hydrofobiciteit en kun je vervangen door een vector die aangeeft hoe hydrofoob het is → een polair aminozuur heeft een negatieve vector → dit bij elkaar optellen tot een hydrofoob moment --> dit tegenover elkaar zetten geeft een eisenberg plot (klein hydrofoob moment betekent een hoge hydrofobiciteit)
Rapporteer
Hoe worden amyloïde fibrillen gevormd en wat zijn dit?
Amyloïd vormende eiwitten zijn eiwitten die aggregaten kunnen vormen → resultaat van verkeerde gevormde eiwitten en vormen hierdoor fibrillen. Dit zijn beta-sheet structuren.

Moleculen zijn gevouwen en worden gedestabiliseerd → hierdoor  kunnen er eiwit interacties ontstaan met andere gedestabiliseerde eiwitten en vormen hierdoor aggregaten → als er meer van dit soort eiwitten zijn, is er een hoge kans op formatie van fibrillen.
Rapporteer
Hoe ontstaat type 2 diabetes in mensen en waarom niet in muizen?
De insulinereceptor is verstoord, waardoor er niet goed glucose de cel in wordt gelaten en dus overproductie van insuline ontstaat → tijdens productie van insuline wordt er ook IAPP (een amyloïde) gemaakt en hierdoor ontstaan er meer aggregaten die membraan schade aanbrengen en gaan de cellen dood → hierdoor gaan de overige cellen nog meer insuline produceren en kom je in een vicieuze cirkel → hiervoor insuline inbrengen
  • muizen hebben iets andere aminozuursequentie, meerdere proline die geen alfa-helixen of beta-sheets kunnen vormen en dus ook geen aggregaten → dus geen diabetes
Rapporteer
Hoe kan er worden bewezen dat IAPP hoge affiniteit voor membranen hebben?
meten met monolaag techniek → lipiden spreiden op monoloog en druk meten → eiwitten onder inbrengen en dan meten daarna → verhoogde druk betekent dat de eiwitten zijn geïnserteerd in de monolaag
Rapporteer
Waarom is exchange een goede methode om te bepalen welk deel van een transmembraan helices buiten de membraan steekt?
Transmembraanhelices zijn afgeschermd van het water --> hierdoor langzame uitwisseling. Er kan water door de membraan heen, echter is verwaarsloosbaar tov de hoeveelheid die buiten de membraan is. Verder is het zo dat de uitwisselbare protonen in de backbone stabiele H-bruggen vormen in de membraan, maar makkelijker ontvouwen zodra ze buiten de membraan zijn.
Rapporteer
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart