Dit zijn flashcards en notities die gemaakt zijn door studenten over onderwerpen als 'nisine', 'membraan' en 'bacteriën', komende uit:

Studiemateriaal generieke omslagafbeelding
Vak
- Membraan & Membraaneiwitten
- Killian
- 2021 - 2022
- Universiteit Utrecht
- Molecular and Cellular Life Sciences
143 Flashcards en notities
  • Deze + 400k samenvattingen, ook in PDF!
  • Een unieke studie- en oefentool
  • Nooit meer iets twee keer studeren
  • Haal de cijfers die je op hoopt
  • 100% zeker alles onthouden
Onthoud sneller, leer beter. Wetenschappelijk bewezen.
Trustpilot-logo

Flashcards over nisine, membraan, bacteriën

Wat maakt antimicrobial peptides (AMPs) nuttig? En waarom zijn ze altijd amfipatisch en positief geladen?
AMPs worden overwogen om alternatieve te zijn voor antibiotica. Membranen van bacteriën zijn negatiever geladen dan onze memranen, dus zijn de AMPs positief en amfipatische moleculen hebben een goede affiniteit voor membranen.
Rapporteer
Welke drie soorten werkingsmechanismen van AMPs heb je?
1. Worm-hole model
2. Barrel-slave model
3. Carpet model 
Deze modellen zijn afhankelijk van de hydrofobiciteit.
Rapporteer
Hoe ziet een typisch lek experiment eruit?
Aan PC vesicles wordt AMP toegevoegd waardoor er poriën vormen en er lekkage optreedt. Wanneer dit zijn maximum heeft breikt wordt er detergent toegevoegd als positieve controle ( de rechte lijn). Door model membranen te maken waarin een fluorescente stof zit in relatief hoge concentratie, zodat het niet fluoresceert (zelf doving). Treedt er porie vorming op, dan komt de stof naar buiten en wordt dus zodanig verdund dat het kan gaan fluoresceren.AMPs zijn actiever bij meer negatief geladen membranen zoals van Magainin
Rapporteer
Wat voor bijzonder soort molecuul is nisine?
Het is een lantibiotica: post-translationeel gemodificeerd → ander soort aminozuren die thioether bruggen kunnen vormen. Het doodt bacteriën bij porie formatie.
Rapporteer
Magainin is actiever in pure lipid systemen tov nisine, maar in bacteriën bleek nisine veel actiever te zijn tegen bacteriën. Wat mist er in het modelsysteem dat dit niet overeen komt?
Om hierachter te komen werden meerdere dingen gedaan:
1. Membraanpotentiaal toegepast -->  nisine veel sneller actief
2. Verwijdering van de celwand --> nisine blijft actiever, maar wel minder
3. Isolatie van het membraan --> activiteit van nisine heel sterk afgenomen
4. Isolatie van lipiden --> compleet zijn activiteit verloren 
--> uit literatuur bleek al eerder dat nisine de celwandsynthese inhibeert oa door het binden van lipide II (de basis van celwand).
Rapporteer
Hoe bindt nisine aan LII?
Uit NMR blijkt er aggregatie te ontstaan van deze complexen. Nisine vormt H-bruggen van de backbone van het eiwit met de pyrofosfaat van lipide II → methylgroep zorgt voor grote hindering in de pyrofosfaat binding. Er leek geen effect te zijn van:
  • negatief geladen membranen
  • hoge zout concentraties
Rapporteer
Hoe kon de oriëntatie van nisine in de membraan in aanwezigheid van LII worden bepaald?
Dit werd aangepakt met fluorescentie, de stokeshift (dus de fluorescentie) is namelijk afhankelijk van de chemische omgeving. Dit kan worden gebruikt voor:
  • Volgen van eiwitvouwing
  • Meten van conformationele veranderingen door
    • Ligand-eiwit interacties
    • Eiwit-eiwit interacties
  • Bestuderen van membraan-eiwit interacties

F, Y en W zijn fluorescent, maar W is het best. Deze kan je inbouwen in nisine --> de W's kwamen gelokeerd in de membraan bij de interacte van nisine met LII die membranen bevat.
Rapporteer
Wat kon er worden bepaald met behulp van acrylamide quenching, hoe werd dit gedaan en welke conclusie kon daaruit worden getrokken over de oriëntatie van nisine?
Met acrylamide quenchings experimenten bepaal je de toegankelijkheid van in dit geval de tryptofaan voor acrylamide. Kan acrylamide bij de tryptofaan, dan gaat hiervan de fluorescentie intensiteit omlaag (en dus de F0/F omhoog!), en de mate hiervan is afhankelijk van de concentratie acrylamide. nisine adopts een stabiele transmembraan oriëntatie door interactie met LII.
Rapporteer
Beschrijf twee methoden om te laten zien dat een antimicrobieel peptide de membraan van bacteriën als doelwit zou kunnen hebben.
Is de membraan het doelwit, dan valt te verwachten dat als het antibioticum aan de bacteriën wordt toegevoegd deze lek zullen raken. Dit lek raken is te meten door membraan potentiaal metingen, of door kalium lek uit de bacterie te meten dit kan met fluorescente stoffen die meer gaan fluoresceren op het moment dat ze kalium binden of met een speciale elektrode.
Rapporteer
Wat voor conclusies kun je trekken uit stokeshifts en intensiteit veranderingen in fluorescente experimenten?
Een toenemende concentratie duidt op een blue-shift en betekent ook met de intensiteitsverhoging op een veranderende omgeving, namelijk meer hydrofoob. Hieruit kun je ook concluderen dat het peptide in het membraan is geinserteerd. Bij een intensiteitsverlaging is er quenching opgetreden en vermoedelijk doordat de peptiden in het membraan zijn gaan aggregeren en waardoor de tryptofanen zichzelf uitdoven.
Rapporteer
  • Hogere cijfers + sneller leren
  • Niets twee keer studeren
  • 100% zeker alles onthouden
Ontdek Study Smart