De kritiek van Luther op de katholieke kerk was een belangrijk moment in de 16e eeuwse Reformatie. De reformatie kan beschreven worden als de poging om het christelijke geloof te hervormen (reformeren) en te zuiveren van alle misstanden. Luther was het bijvoorbeeld niet eens met de heiligenverering en de strikte kerkelijke hiërarchie binnen de katholieke kerk. De reformatie resulteerde in een scheuring in de kerk: de oorspronkelijke katholieke kerk stond nu tegenover de protestantse kerken van vooral lutheranen en calvinisten.

Met het Concilie van Trente (1545-1563) reageerde de katholieke kerk op de opkomst van het protestantisme. De verkoop van aflaatbrieven werd verboden en de heiligen mochten alleen worden vereerd, niet worden aanboden als goden. Ketters werden ook harder aangepakt door de oprichting van de Inquisitie, de kerkelijke rechtbank. Deze reactie wordt ook wel Contrareformatie genoemd.

In de Duitstalige gebieden in de Nederlanden ontwikkelde zich een radicale hervormingsbeweging genaamd de wederdopers. Zij wilde een zuivere geloofsbeleving bereiken. Deze kon bereikt worden als een gelovige zelf koos voor een volwassendoop - kinderen kozen immers niet bewust voor God.