Bij klassiek conditioneren wordt het gedrag uitgelokt door de US. Dit is iets buiten het organisme. Bij instrumenteel conditioneren is het organisme niet zo onder invloed van externe factoren. Zijn reacties komen van binnen, voluntary.

In zijn systeem, een instrumentele response dat wordt gedefineerd door zijn effect (de manier waarop het opereert) op zijn omgeving. Ze opereren op de omgeving om een verandering in stand te brengen die leidt tot een consequentie (beloning of straf). Net zoals Thorndike, zei Skinner dat door een positieve consequentie het gedrag vaker zal plaatsvinden.

Hij gebruikte zijn Skinner box, waar een dier bepaalde tijd in blijft (bijvoorbeeld een uur) en in dat uur op een knop kan drukken, waarna hij een beloning krijgt. Zo kan de data makkelijker verzameld worden. De response rate van het dier wordt gemeten.