Omdat de dunne darm wordt aangesloten op het voormaagje ,worden bepaalde verteringssappen omgeleid , waardoor het ingenomen voedsel niet volledig wordt verteerd . De sappen die ons voedsel verteren , bereiken het voedsel op andere plaats . Hierdoor worden niet alle calorieen in het lichaam opgenomen.

De gastric bypass kan in bepaalde gevallen worden gecombineerd met de maagband. We noemen de operatie dan een  "Banded bypass".Doorgaans is de gastric bypass effectiever dan de maagband. Er ontstaan geen hinderlijke complicaties die specifiek zijn voor de maagband,zoals pijn na het eten en veelvuldig braken ( czeste wymioty).
De gastric bypass is echter wel een definitieve ingreep en kan moeilijk ongedaan worden gemaakt. Het succes van de behandeling is vooraal afhankelijk van de verandering van de eet- en leefgewoonten na de ingreep.

Omdat bij een gastric bypass een deel van het spijsverteringsstelsel buiten gebruik is gesteeld , kan dat leiden tot een verminderde opname van bepaalde voedingsstoffen en vitaminen : denk aan ijzer, calcium, vitaminen (A,D,E en B12) en eiwitten. Het is veelal noodzakelijk het levenslang innemen c=van supplementen , waarbij de bloedwaarden regelmattig moeten worden gecontroleerd.