Een proteoglycaan is veel groter. Een proteoglycaan heeft een lineair eiwit en een glycoproteïne een 3D-eiwit. Bij proteoglycaan heb je lineaire lange suikerketens, de suikerketens bij glycoproteïne zijn vertakt en veel minder lang.

Een polysaccharide die bestaat uit repeterende disaccharides. Eén van de suikers is een N-suiker (samine) en de andere een ureumzuur. Er zitten sulfaat groepen op. Door de sulfaat en COO-groepen is het negatief geladen. Zo stoten de lijnen suikers elkaar af, maar trekken ze ook veel Na+ en dus water aan.

GAG’s kan je op proteoglycanen zetten. Je kan de proteoglycanen op een ander molecuul (hyaluronzuur bijvoorbeeld) zetten en dan krijg je een soort worm. Deze kan heel groot worden. Heel groot molecuul, bijvoorbeeld kraakbeen, en krijg je aggrecan. Proteoglycanen kunnen ook zorgen voor goede binding tussen collageen vezels.